ВАЖНО – ПЦР (PCR) тестирование

< Все категории

Самое важное, что нужно знать о ПЦР тестах – эти тесты не могут обнаруживать инфекцию, они создавались не для этого.

ОФИЦИАЛЬНОЕ ОБЪЯСНЕНИЕ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ PCR-RT ТЕСТА

Коронавирус 2 или SARS-CoV-2 (или просто коронавирус) с острым тяжелым респираторным синдромом – это РНК-вирус, вызывающий заболевание COVID-19. PCR-RT, или сокращенно ПЦР, является основным методом тестирования на это инфекционное заболевание во всем мире, и ежедневные положительные статистические данные используются для моделирования распространения инфекции и определения того, наскольно будут закрыты страны.

По официальным данным, использование теста ПЦР объясняется следующим образом:

Обнаружение вирусной РНК используется как в Эстонии, так и во всем мире для первичной диагностики COVID-19 и выявления инфекций. В пользу теста говорит возможность обнаружить вирус на ранней стадии, это помогает сразу же ввести карантин. Еще одно преимущество – надежный результат: тест очень чувствителен (определяет даже небольшое количество вируса) и специфичен.

Вирусная РНК может быть определена с помощью так называемого классического метода ПЦР в реальном времени (полимеразная цепная реакция), который требует специального оборудования, специально обученных лабораторных специалистов и адаптированного лабораторного процесса. Аналогичный метод используется в лабораториях Департамента здравоохранения, SYNLAB и нескольких больниц, и таким образом можно проводить относительно крупномасштабные исследования.

Однако в то время, когда мы сталкиваемся с закрытиями бизнесов и ограничениями, которые представляют собой прямое нарушение основных прав человека и свобод и наносят необратимый ущерб экономике в целом в глобальном масштабе, жизненно важно понимать истинную природу ПЦР-анализа и связанных с ним манипуляций с данными в диагностике коронавируса.

СУТЬ ПЦР ТЕСТА

Полимеразная цепная реакция или ПЦР – это метод амплификации определенного фрагмента интересующего участка ДНК. Для получения истинного результата предполагается, что нуклеотидная последовательность исследуемой ДНК ИЗВЕСТНА. На основе последовательностей синтезируются короткие одноцепочечные фрагменты ДНК или праймеры на основе принципа комплементарности. Во время амплификации исследуемый участок ДНК расщепляется на две одиночные нити, и обе нити синтезируются обратно в двойные нити на основе связанных с ними праймеров. В результате из одного сегмента ДНК получаются две идентичные нити ДНК. Циклы повторяются, и количество исследуемых участков ДНК увеличивается в геометрической прогрессии. Следовательно, ПЦР может дать миллионы и миллиарды копий небольшого количества образцов ДНК за короткий период времени.

Благодаря быстродействию, простоте использования и чувствительности этот метод получил широкое распространение в различных областях, в том числе при обнаружении инфекционных заболеваний. В случае РНК-вирусов, таких как коронавирус, к методу добавляется дополнительный этап синтеза – обратная транскриптаза, где, согласно принципу комплементарности, вирусная РНК сначала получается из ДНК, которая затем амплифицируется с помощью ПЦР. Результат часто отслеживается в режиме реального времени, и это изменение в ПЦР-анализе называется rRT-PCR (полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией в реальном времени или (real time Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction).

Однако ни один метод не является безупречным и требует дополнительной проверки и калибровки. Праймеры для ПЦР специфичны для участков, и можно утверждать, что праймеры, разработанные для участка X, не могут размножать участок Y. Затем, при разработке каждого конкретного протокола ПЦР, существует несколько химико-физических и других параметров, которые определяют результат анализа. Случайные мутации во время тестирования, возможность перекрестного заражения , человеческого фактора и т. д. также играют важную роль.

ПРИГОДНОСТЬ ПЦР ТЕСТА ДЛЯ ОБНАРУЖЕНИЯ КОРОНАВИРУСА

RT-PCR признан золотым стандартом тестирования на коронавирус, что уже в корне неверно. По сути, «золотой стандарт» означает наиболее точный из всех доступных методов, но у теста, специально разработанного для обнаружения вируса SARS-CoV-2, имеется множество недостатков и несоответствий. Нельзя считать дефектный тест золотым стандартом. Остановка на всех этих тонких нюансах ПЦР теста была бы слишком долгой и была бы ограничена здесь основными важными факторами в контексте тестирования на коронавирус.

Следует понимать, что, несмотря на то, что официально было заявлено: «коронавирус был обнаружен», ни один ПЦР не способен ОБНАРУЖИТЬ вирус (тем более вирусное заболевание) как таковой. В ходе ПЦР БЫЛ ОБНАРУЖЕН и ВОСПРОИЗВЕДЕН только генетический материал вируса, но не сам вирус!

Тем не менее, вирус обнаруживается с помощью ряда взаимно поддерживающих методов. После амплификации образца вируса человека (ПЦР) полученный продукт ДНК также должен быть протестирован (например, с помощью блоттинга, секвенирования и т. д.) и продемонстрирован на активность, то есть инфекционность и / или вирулентность (например, культура клеток, клинические симптомы и т. Д.) .). Тогда мы могли в какой-то мере говорить об обнаружении, заражении и болезни.

Инфекционность – способность вируса распространяться среди хозяев (= заражать других).

Вирулентность – способность вируса заразить или повредить хозяина (= заболеть самому).

ПРЕДПОСЫЛКИ ИСПОЛЬЗОВАНИЯ НЫНЕШНИХ ПЦР ТЕСТОВ

Все анализы RT-PCR на коронавирус, доступные в настоящее время от известных производителей, основаны на публикации Кормана-Дростена. ВОЗ, CDC и т. д. также следуют ему в своих инструкциях и распоряжениях. Важным моментом является то, что вся работа Кормана-Дорстена основана на теоретической последовательности ДНК коронавируса. Другими словами, предполагается, что новый вирус похож на предыдущий SARS-CoV (2003) и на основании этого была создана гипотетическая последовательность ДНК SARS-CoV-2, из которой был создан весь протокол.

Первоначально из-за отсутствия реального вирусного материала этот шаг был понятен, а в некоторых случаях даже оправдан. Однако в текущей ситуации, когда настоящий вирус может быть легко изолирован, протокол должен быть согласован с действительной последовательностью вирусной ДНК. Само по себе генетическое родство не может являться предпосылкой к достоверному тестированию (не говоря уже о золотом стандарте), поскольку перекрестная реактивность неизбежно приводит к ложноположительным результатам.

Однако до настоящего времени этого всего не было сделано, и положительные контроли для ПЦР-анализов все еще содержат последовательность искусственной ДНК SARS-Cov-2, которая основана только на гипотезе. Таким образом, в настоящий момент просто предполагается, что люди тестируются на вирус SARS-CoV-2.

ВИРУС ИЛИ ЧАСТИЦА ВИРУСА – В чем разница?

Еще один важный аспект тестирования на коронавирус – это цель тестирования. Предполагая, что даже если гипотетическая последовательность преуспеет в создании 100% идентичной последовательности SARS-CoV-2, только определенные участки ДНК вируса будут нацелены на тестирование на коронавирус, и примерно половина вируса фактически не будет обнаружена. Другими словами, обнаруживаются и размножаются вирусные фрагменты, а не последовательность вирусной ДНК в целом.

С точки зрения лабораторных исследований самого вируса и его функций такой подход сам по себе вполне уместен. Однако использование разработанного таким образом теста ПЦР для первоначальной диагностики COVID-19 и выявления инфекции является весьма преждевременным и поверхностным.

Активный или способный инфецировать вирус работает как единое целое, но отдельные фрагменты вируса обычно неактивны и безвредны. Однако бывают ситуации, когда инактивированный вирусный фрагмент сохраняет свою функциональность и может вызвать некоторые повреждения в организме, если при благоприятных условиях такой фрагмент транспортируется в клетку. Однако такие случаи довольно редки, и организм прекрасно справляется с этим самостоятельно.

Таким образом, присутствие вирусного фрагмента в организме НЕ ПОДТВЕРЖДАЕТ наличие реального вируса, а просто указывает на то, что произошло взаимодействие с вирусным материалом. В этом случае найденный вирусный фрагмент может уже быть разбит на более мелкие единицы и функционально не нести никакого вреда.

Люди ежедневно подвергаются воздействию огромного количества различных вирусных материалов. Если предположить, что коронавирус – это быстро распространяющийся вирус, вероятность контакта с летучими частицами SARS-CoV-2 также довольно высока. В эпидемиологии время является критическим фактором, и необходимы быстрые ответные меры для ограничения распространения инфекционных заболеваний. Если в результате ПЦР у субъекта были обнаружены фрагменты коронавируса, было бы разумно изолировать его на несколько дней, при этом необходимо провести последующее наблюдение за обнаруженными фрагментами и продемонстрировать, что найденные фрагменты также являются инфекционными или вирулентными.

ОШИБКИ ПРИ ИСПОЛЬЗОВАНИИ ПЦР ТЕСТА

Давайте еще раз посмотрим на официальную формулировку:

Обнаружение вирусной РНК используется как в Эстонии, так и во всем мире для первичной диагностики COVID-19 и выявления инфекций. В тесте есть возможность определить наличие вируса, что позволяет сразу же ввести карантин.

Однако CDC прямо заявляет в своих рекомендациях, что

Обнаружение вирусной РНК может не указывать на наличие инфекционного вируса или на то, что 2019-nCoV является причиной клинических симптомов.

Поскольку сам по себе ПЦР тест не позволяет различить, обнаружен ли вирус целиком или его фрагменты, этот тест НЕ МОЖЕТ использоваться как ЕДИНСТВЕННЫЙ метод диагностики инфекционных вирусов и заключения о наличии вирусной инфекции. К сожалению, нынешняя практика тестирования на ковид показывает обратное, и людей изолируют необоснованно.

Ещё официальная формулировка гласит, что:

Еще одно преимущество этого метода – надежный результат: тест очень чувствителен (определяет даже небольшое количество вируса) и специфичен.

Однако из-за чувствительности ПЦР надежность стала одной из основных проблем при тестировании на коронавирус. Вопреки эпидемиологической практике, только один положительный результат ПЦР рассматривается органами здравоохранения как подтверждение инфекции. Однако это предположение основано на МНЕНИИ, что положительные результаты этих тестов очень надежны. Однако свидетельства внешней оценки качества и реальных данных показывают достаточно высокий уровень ложноположительных результатов и, следовательно, очень ненадежны во многих случаях.

ПЦР циклически воспроизводит вирусный генетический материал. Как уже говорилось выше, это экспоненциальный рост. Чем меньше количество циклов размножения, тем выше вирусная нагрузка, т.е. тем больше вирусного генетического материала присутствует в тестируемом образце. Однако чем выше вирусная нагрузка, тем выше вероятность заражения вирусом и его вирулентность. И наоборот, чем больше количество циклов, тем ниже вирусная нагрузка и тем меньше вероятность заражения вирусом и его вирулентность.

Для исследования инфекционных заболеваний при помощи ПЦР оптимальное количество циклов репликации составляет около 20-30 циклов. 30-35 циклов – это так называемая серая зона, где положительный результат уже спорен. После 35 циклов это обычно неинфекционный и невирулентный вирусный материал, так называемый мертвый вирус. И при количестве циклов 40+ метод уже считается ненадежным из-за значительного увеличения доли ложноположительных результатов из-за мутаций, перекрестного загрязнения, неспецифического связывания и т.д.

Многие исследования показывают, что более 32 циклов ПЦР не имеют клинической значимости и что используемые ПЦР тесты на коронавирус в 100-1000 раз более чувствительны, чем следовало бы.

Под давлением научного сообщества ситуация, наконец, была освещена ВОЗ и CDC в их последних рекомендациях по тестированию на коронавирус. Однако количество циклов в протоколах ПЦР на коронавирус, используемых в большинстве стран (включая Эстонию), все еще находится в диапазоне 38-45. Таким образом, одно из преимуществ ПЦР тестов – чувствительность – стало скорее недостатком тестирования на коронавирус.

НЕОБХОДИМОСТЬ ПЕРЕСМОТРА СТАТИСТИКИ

В результате гиперчувствительного ПЦР теста невозможно быть уверенным, какой из положительных результатов действительно положительный и человек действительно заразился. Также это ставит под сомнение смертность от коронавируса.

Поэтому чрезвычайно важно, чтобы количество циклов было намного меньше, чем оно было до сих пор, чтобы отличать ложно-положительные результаты от истинно-положительных. Это также поможет выявить среди людей с позитивным тестом людей с высокой и низкой вирусной нагрузкой, чтобы потом выявить заразных и незаразных.

Тест ПЦР также может выявить положительный результат при низкой и чрезмерно усиленной амплификации. Если при этом признаков заболевания нет, такого человека сразу объявляют бессимптомным по инструкции Terviseamet. Фактически, это здоровый человек, который безопасен для себя и других, потому что функционирующая иммунная система может хорошо справляться с небольшой и средней вирусной нагрузкой. Таким образом, здорового человека называют больным.

Человек, у которого нет никаких признаков заболевания, но имеет высокую вирусную нагрузку, может считаться бессимптомным. Уменьшение количества циклов ПЦР позволило бы оценить вирусную нагрузку, но важный вопрос: является ли вирус инфекционным и / или вирулентным?

Сам по себе ПЦР анализ не может ответить на этот вопрос, и для окончательной оценки (включая необходимось изоляции человека) необходимо провести дополнительные исследования.

Правильно откалиброванные тесты ПЦР имеют законное место для изучения инфекционных заболеваний. Однако только ПЦР тест не может обнаружить коронавирус. Таким образом, чрезвычайно важно анализировать результаты ПЦР наряду с другими вспомогательными методами. Только тогда можно будет сделать обоснованные выводы о распространении инфекции и так далее.

В ЗАКЛЮЧЕНИИ

Неправильно откалиброванные тесты влияют на множество статистических данных, включая бессимптомных больных, распространяемость, госпитализацию и смертность. Однако эпидемиологические модели, основанные на ложных данных, не могут быть использованы для борьбы с заболеванием, а основанные на них ограничения нарушают основные права человека и свободы личности. Поэтому маркировку людей следует прекратить в срочном порядке и предпринять шаги для повышения осведомленности и уменьшения количества ложноположительных результатов, в частности, путем подтверждения положительных результатов с помощью дополнительных тестов.

Правительства вводят и снимают ограничения на основании заключения экспертов. Однако текущая ситуация показывает, что мнения экспертов ошибочны в отношении основных принципов выявления и передачи инфекции. Это, в свою очередь, поднимает вопрос, чьи интересы на самом деле защищает такой эксперт?

Посмотрите видео от создателя ПЦР тестов Кэри Муллиса

ИСТОЧНИКИ

Nagpal, M. L. et al. (2020) Synthetic Biology – New Interdisciplinary Science. Polymerase Chain Reaction (PCR): Principle and Applications. ISBN: 978-1-78984-090-2

Nagpal, M. L. et al. (2020) Synthetic Biology – New Interdisciplinary Science. PCR and Infectious Diseases. ISBN: 978-1-78984-090-2

Corman, V. M et al. (2020) Detection of 2019 novel coronavirus (2019-nCoV) by real-time RT-PCR. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6988269/

Borger, P. et al. (2020) External peer review of the RTPCR test to detect SARS-CoV-2 reveals 10 major scientific flaws at the molecular and methodological level: consequences for false positive results. https://zenodo.org/record/4298004/files/Review%20Corman_Drosten_Paper_Final_Version_10-3-Public_final.pdf?download=1

Watson, J. et al. (2020) Interpreting a covid-19 test result. https://www.bmj.com/content/bmj/369/bmj.m1808.full.pdf

Engelbrecht, T. & Demeter, K. (2020) COVID19 PCR Tests are Scientifically Meaningless. https://off-guardian.org/2020/06/27/covid19-pcr-tests-are-scientifically-meaningless/?fbclid=IwAR3G6Fuq8C-8XW7szL43scbKOYFx78irq52A6ZQCRdZmPMWiHTqD_2jv4Zo

La Scola, B. et al. (2020) Viral RNA load as determined by cell culture as a management tool for discharge of SARS-CoV-2 patients from infectious disease wards. https://link.springer.com/article/10.1007/s10096-020-03913-9

Surkova, E. et al. (2020) False-positive COVID-19 results: hidden problems and costs. https://www.thelancet.com/journals/lanres/article/PIIS2213-2600(20)30453-7/fulltext

Lee, M. (2020) COVID Test Scam: Cycle Threshold Values Being Deliberately Omitted. https://principia-scientific.com/covid-test-scam-cycle-threshold-values-being-deliberately-omitted/

Levinson, S. S. (2020) False Positive Results in Real-time Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction (rRT-PCR) for SARS-CoV-2? https://www.aacc.org/science-and-research/scientific-shorts/2020/false-positive-results-in-real-time-reverse-transcription-polymeras

Bullard, J. et al. (2020) Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32442256/

WHO (2021) Nucleic acid testing (NAT) technologies that use polymerase chain reaction (PCR) for detection of SARS-CoV-2. https://www.who.int/news/item/20-01-2021-who-information-notice-for-ivd-users-2020-05

CDC (2020) 2019-Novel Coronavirus (2019-nCoV) Real-Time RT-PCR Diagnostic Panel. https://www.cdc.gov/coronavirus/2019-ncov/lab/virus-requests.html

Jefferson, T. et al. (2020) Viral cultures for COVID-19 infectivity assessment. Systematic review. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.08.04.20167932v4

Service, R. F.  (2020) One number could help reveal how infectious a COVID-19 patient is. Should test results include it? https://www.sciencemag.org/news/2020/09/one-number-could-help-reveal-how-infectious-covid-19-patient-should-test-results

Cohen, A. N. et al. (2020) Diagnosing COVID-19 infection: the danger of over-reliance on positive test results. https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.04.26.20080911v4

Park, M. et al. (2020) Optimization of primer sets and detection protocols for SARS-CoV-2 of coronavirus disease 2019 (COVID-19) using PCR and real-time PCR. https://www.nature.com/articles/s12276-020-0452-7

Lopez, R. (2020) Former Chief Science Officer for Pfizer Says “Second Wave” Faked on False-Positive COVID Tests, “Pandemic Is Over”. https://stanvanhoucke.blogspot.com/2020/12/former-chief-science-officer-for-pfizer.html

PHO (2020) An Overview of Cycle Threshold Values and their Role in SARS-CoV-2 Real-Time PCR Test Interpretation. https://www.publichealthontario.ca/-/media/documents/ncov/main/2020/09/cycle-threshold-values-sars-cov2-pcr.pdf?la=en

Terviseamet (2020) Juhendidhttps://www.terviseamet.ee/sites/default/files/Nakkushaigused/Juhendid/COVID-19/covid-19_patsiendi_kasitlus_ja_lab_testimine_esmatasandil_15.12.2020.pdf

Next Вакцина от коронавируса
Оглавление